A fészekdoboz tisztán tartása ugyanolyan fontos, mint az új odúk kiegyezése. A madárodúkat a fészkelési, költési időszak alatt nem ajánlatos háborgatni, azonban azt azt követő időszek a legalkalmasabb ennek a munkálatnak az elvégzésére, így a tisztítást ajánlott a szeptember, október hónapban végezni.
Egy napsütéses késő őszi napon, remek elfoglaltság a kertbe található madárodúk kitakarítása.
A fiatal egyedek kirepülésük után nem térnek vissza az odúba, ettől kezdve a fák lombjai és a sűrű bokrok rejtekei nyújtanak alvóhelyet számukra. A kifejlett madarak időnként menedékként használják az odúkat de nem tekintik állandó lakhelyüknek azt. Mint minden fészek, így az odúk is elsősorban a fészkelési időszakban játszanak fontos szerepet, a tojások kikeltetésére és fiókák nevelésére veszik igénybe azt lakóik.
Madárodú tisztítása
Egy mesterséges odú nem csak a madarak számára nyújthat megfelelő életteret, könnyen otthonává válhat más nem kívánt lakóknak. Az atkák, tetvek és más paraziták tojásokat rakhatnak oda. A régi fészkek hangulatos élőhelyet is teremthetnek az egerek és más kártevők számára. Ha a szezon végén kitisztítjuk az odút, minimálisra csökkenthetjük a nem kívánt vendégek számát, és az odú akár évekig megőrizheti újszerű állapotát.
Az odú kihelyezési magasságától függően szükség lehet egy létrára, vagy más magasító állványra amiről biztonságosan elérhetővé válik a tisztítandó madárlak. Elhelyezkedésétől függően a fészekdobozt el kell távolítani a fáról vagy a kerítésről, és olyan helyre kell helyezni, ahol könnyen hozzáférhetővé válik, például egy asztalra a kerti teraszon.
A fészek eltávolítása és tisztítása alatt célszerű kesztyűt viselni, az esetleges sérülések és a fertőzés elkerülése érdekében.
Mivel a legtöbb mesterséges odút úgy tervezték, hogy az könnyen nyitható legyen, így nincs szükség komoly szerszámkészletre a kinyitásához. A riglivel, tolózárral, retesszel készült változatok kézzel könnyen nyithatóak, de amelyekre nem szereltek ilyen zárat az is általában egyetlen csavarhúzóval bontható.
Az odúban költő madarak, minden évben előszeretettel raknak fészket üres, tiszta odúban, az előző évi lakók által hátrahagyott fészekanyagot nem kedvelik. Tehát a legjobb, amit tehetünk, hogy valóban tiszta környezetet biztosítunk jövő tavaszra.
Az odú belső fészekanyaga bármilyen a kertben fellelhető anyagot tartalmazhat. A madarak különösen szeretik az állati szőrt, de a moha- és zuzmódarabokat, a füvet és a gallyakat is. A különböző madárfajok eltérő fészkelőpreferenciával rendelkeznek a fészket készítő anyagok tekintetében.
Éppen ezért nagyon érdekes egymástól eltérő fészekanyagok találhatóak, egyazon kertben elhelyezett különböző méretű és formájú madárodúkban.
Az odú kinyitásakor legyünk óvatosak mert nem biztos, hogy csak a madarak által hátrahagyott fészekanyagot találunk, van ugyanis egy aranyos emlősünk a Nagy pele amely szinte egész Európában megtalálható és odúlakó rágcsáló révén néha beköltözik mesterséges madárodúkba is. Ha pelével találkozunk semmiképen sem bántsuk, és nem csak azért mert hazánkban védett. Magyarországon három Pele faj, a mogyorós pele (Muscardinus avellanarius), a nagy pele (Glis glis), illetve az erdei pele (Dryomys nitedula) él.
A fészek kiszedése néha elégé nehéz feladat, mert egyes madárodúk kisméretű ajtaján keresztül nehéz eltávolítani az egybefüggő fészket. Ha nem sikerül egyben kivenni, akkor nyugodtan szét lehet tépkedni, hiszen arra már nem lesz szükségük a következő lakóknak, azonban ha sikerül egyben eltávolítani akkor általában jól megfigyelhető a fészek anyagának rétegrendje.
Bizonyos esetekben meglepő, hogy a madarak milyen leleményes módon alkalmazzák a környezetben fellelhető anyagokat. A fészek felépítésében az udvar, kert vagy ház körül található tárgyak bármely elemét használhatják, sokszor olyan dolgokat is amiről nem is gondolnánk, hogy alkalmas madárfészek kialakítására.
Az első dolog, amit ellenőrizni kell, hogy a fészek tiszta, száraz és szagtalan legyen. Ha ezek a feltételek teljesülnek akkor valószínűsíthetjük, hogy a madárlak betöltötte a célját, és a kertben lévő madarainak egészséges fiókái voltak.
A fészek eltávolítása után érdemes a belsejét minél alaposabban megtisztítani.
Amennyiben szükséges, használhatunk valamilyen kefét, vagy konyhai szivacsot a megfelelő tisztítás érdekében. Ha a madárodú belseje nem tűnik száraznak, esetleg penészfoltok találhatóak a belső falon akkor ajánlott a belsejét forró vízzel, alaposan lemosni. Fertőtlenítésre is szükség lehet, erre léteznek különböző speciális vegyszerek, azonban ha ilyet nem tudunk vagy nem akarunk beszerezni akkor használhatunk valamilyen nem túl aromás folyékony szappant vagy mosó-, mosogatószert. A tisztítás után ajánlott pár napig száraz helyen tartani, illetve nyitott ajtóval a nap felé fordítani, mivel nap ultraibolya sugarainak is van fertőtlenítő hatása.
Miután tiszta odú megfelelően kiszáradt újra becsukható, és visszahelyezhető eredeti-, vagy új helyre, hogy menedéket nyújtson a kertben lévő madaraknak a téli időszakban.
Ha a kertben több madárodú is van akkor az egyes odúk tisztítása között ajánlott kesztyűt cserélni vagy mosni, hogy egy esetleges fertőzést ne vigyünk át egyikről a másikra. Már megtisztított odúkat ne fogjunk meg koszos kézzel vagy koszos kesztyűvel.